长治医学院于1985年成立了综合档案室；1991年将档案室正式确定为科级单位并隶属于学院党政办公室；2012年经山西省编委和省教育厅批准改建为档案馆，升格为处级建制。

档案馆现有在编人员4人，其中副高职称人员2人，中级职称1人。馆藏档案分为党群、行政、教学、科研、财会、声像、实物、出版、外事、设备、基建等11个类别，共1万余卷。在学院党政领导的关心支持下，档案馆实现了档案管理和办公现代化，建立了“主管校长领导→档案馆实施→各院、系、部、处协同配合”的三级档案工作管理体系，形成了以档案馆为核心，多部门参与的工作组织架构和分工明确、齐抓共管的工作机制，建立了一支专兼职结合的档案员队伍，档案管理工作逐步走上了科学化、规范化轨道。

近年来，档案馆以制度建设为抓手，狠抓管理工作的规范化建设，先后修订了《档案立卷归档制度》、《档案保密制度》、《档案鉴定销毁制度》、《档案库房安全保卫制度》、《档案利用制度》、《档案查借阅制度》和《档案馆议事制度》，制定了权力、责任清单，保证了档案管理工作有法可依、有章可循。同时，大力开发档案信息资源和档案编研工作，不断提高档案服务社会和学院中心工作的能力和水平。

2006年档案室在全省高校中率先通过了山西省档案规范化管理AA级评审。2007年，获得山西省档案工作先进单位。在历次我省档案专项执法检查中受到专家组的好评。